Kelainan dan penyakit pada sistem pencernaan dapat terjadi karena ketidakseimbangan proses metabolisme yang berlangsung didalam sel-sel tubuh. Timbulnya kelainan dan penyakit pada sistem pencernaan makanan sangat bergantung faktor prnyebabnya. Beberapa kelainan dan penyakit yang terjadi pada sistem pencernaan adalah sebagai berikut:Appendistis, yaitu penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri pada usus buntu (appendix; umbai cacing). Apabila semakin parah dapat mempengaruhi usus besar dan menyebabkan radang selaput rongga perut.
Diare, yaitu penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri atau protozoa pada usus besar. Sebagai akibat infeksi, proses penyerapan air di usus besar terganggu sehingga fases menjadi sangat encer.
Gastritis, yaitu penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri pada selaput lendir di dinding lambung. Umumnya terjadi pada orang lanjut usia.
Konstipasi (sembelit), yaitu kelainan yang terjadi akibat proses penyerapan air di usus besar sangat berlebihan sehingga fases menjadi sangat padat dan sulit dikeluatrkan. Untuk mencegahnya dianjurkan buang air besar secara teratur setiap hari serta banyak makan buah dan sayuran.
Malabsorpsi, yaitu ketidakmampuan usus halus menyerap sari-sari makanan yang diperlukan tubuh. Kelainan ini terjadi karena adanya infeksi bakteri pada lapisan lendir dinding usus halus yang dikenal sebagai penyakit sariawan usus.
Muntah, yaitu gangguan saluran encernaan makanan sebagai usaha untuk membersihkan saluran pencernaan karena adanya infeksi secara luas, mengembang, atau adanya rangsangan yang sangat kuat seperti alkohol, obat, racun, pedas, dan sebagainya.
Maag (tukak lambung), yaitu penyakit karena adanya luka pada dinding lambung bagian dalam. Untuk menghindarinya disarankan makan secara teratur.
Protitis (gondong), yaitu penyakit yang disebabkan oleh virus yang menginfeksi kelenjar ludah bagianbawah telinga sehingga menjadi bengkak.
Xerostomia, yaitu penyakit pada rongga mulut yang ditandai dengan rendahnya produksi air ludah. Kondisi mulut kering menyebabkan makanan tak tercerna dengan baik.
